Fraktionen sind mit eigenen Rechten und Pflichten ausgestattete Vereinigungen im Landtag, zu denen sich Mitglieder des Bayerischen Landtags zusammengeschlossen haben. Rechtsstellung und Finanzierung der Fraktionen sind im Bayerischen Fraktionsgesetz geregelt.

Fraktionsstatus haben im Bayerischen Landtag nur solche Parteien, welche bei der vorausgegangenen Landtagswahl mindestens fünf Prozent der Gesamtstimmenzahl im Land und mindestens 5 Sitze im Bayersichen Landtag erhalten haben. Ein Mitglied des Landtags kann nur einer Fraktion angehören (§ 5 der Geschäftsordnung).
Die Fraktionen regeln ihre Angelegenheiten einschließlich der Wirtschaftsführung durch Satzung.

Die Fraktion der CSU hat im Bayerischen Landtag 92 Sitze. Davon sind 11 Abgeordnete aus Unterfranken, 12 aus Mittelfranken, 9 aus Oberfranken, 9 aus der Oberpfalz, 9 aus Niederbayern, 28 aus Oberbayern und 14 Abgeordnete aus Schwaben.

Fraktionsversammlung

Die Fraktionsversammlung  ist das oberste beschlussfassende Organ der Fraktion. Sie tritt in der Regel wöchentlich zusammen und entscheidet in Beratungen, Abstimmungen und Wahlen über die Politik der CSU-Landtagsfraktion. Dass fast alle bayerischen Kabinettsmitglieder der Fraktion angehören, verstärkt den direkten Kontakt und bildet die Grundlage für die "Aktionseinheit Fraktion/Staatsregierung".

Fraktionsvorstand

Der Fraktionsvorstand wird von der Fraktionsversammlung gewählt. Er erarbeitet die Schwerpunkte für die politische Arbeit, bereitet Vorlagen und Empfehlungen für die Fraktionsversammlung vor und trägt dafür Sorge, dass Grundsatzbeschlüsse der Fraktion mit konkreten Initiativen umgesetzt werden. Der Fraktionsvorsitzende leitet mit Unterstützung des Geschäftsführenden Vorstands die laufenden Geschäfte und die Sitzungen der Fraktion und des Fraktionsvorstands. Er vertritt die Fraktion nach außen und gegenüber der Staatsregierung.

Seit Oktober 2007 ist Georg Schmid Vorsitzender der CSU-Landtagsfraktion.

Die Mitglieder des Fraktionsvorstands sind:

Fraktionsvorsitzender Georg Schmid und dessen Stellvertreter, Renate Dodell, Karl Freller, Alexander König und Thomas Kreuzer
sowie die Vorsitzenden der 12 Arbeitskreise

AK Staatshaushalt und Finanzfragen: Georg Winter
AK Kommunale Fragen und Innere Sicherheit: Christian Meißner
AK Umwelt und Gesundheit: Dr. Otto Hünnerkopf
AK Bildung, Jugend und Sport: Georg Eisenreich
AK Verfassung, Recht, Parlamentsfragen und Verbraucherschutz: Petra Guttenberger
AK Ernährung, Landwirtschaft und Forsten: Gerhard Eck
AK Soziales, Familie und Arbeit: Joachim Unterländer
AK Hochschule, Forschung und Kultur: Bernd Sibler
AK Fragen des Öffentlichen Dienstes: Ingrid Heckner
AK Bundes- und Europaangelegenheiten: Prof. Ursula Männle
AK Wirtschaft, Infrastruktur, Verkehr und Technologie: Erwin Huber
AK Eingaben und Beschwerden: Sylvia Stierstorfer

fünf gewählte Beisitzer

Philipp Graf von Lerchenfeld
Heinrich Rudrof
Reserl Sem
Max Strehle
und Peter Winter

sowie die Mitglieder kraft Amtes

Ministerpräsident Horst Seehofer, Landtagspräsidentin Barbara Stamm, Landtagsvizepräsident Reinhold Bocklet, Staatskanzleichef Siegfried Schneider und CSU-Generalsekretär Alexander Dobrindt.

Auch Dr. Manfred Weiß und Ernst Weidenbusch (Parlamentarische Kontrollgremiem) sind Mitglied im Fraktionsvorstand.