Bei den Landtagwahlen im September 1990 wurde Eberhard Rotter als Stimmkreisabgeordneter für den Stimmkreis Lindau (seit der Stimmkreisreform 2003 „Stimmkreis Lindau-Sonthofen“) in den Bayerischen Landtag gewählt. In seiner ersten Wahlperiode war Eberhard Rotter Mitglied im Ausschuss für kulturpolitische Fragen und für Bundes- und Europaangelegenheiten. Seit 1994 ist er Mitglied im Ausschuss für Wirtschaft, Infrastruktur, Verkehr und Technologie, hier hauptsächlich zuständig für Schienenverkehr, ÖPNV, Baurechtsfragen und die freien Berufe. Er ist stellvertretender Vorsitzender der des CSU-Arbeitskreises Wirtschaft und Verkehr und verkehrspolitischer Sprecher der CSU-Landtagsfraktion. Seit 2002  ist er Leiter der CSU Arbeitsgruppe Wohnungs- und Städtebau. Weiter ist Eberhard Rotter Mitglied im Medienrat sowie in der Parlamentarier-Kommission Bodensee.

Neben seinen vielfältigen Aufgaben im Bayer. Landtag sowie als Stimmkreisabgeordneter ist Eberhard Rotter auch in der Kommunalpolitik verwurzelt. Seit 1987 ist er Vorsitzender des CSU-Kreisverbandes Lindau und seit 1983 Mitglied im Kreistag des Landkreises Lindau. Von 1982 bis 2002 und wieder ab Mai 2008 ist er Mitglied im Gemeinderat von Weiler-Simmerberg.

Der Landtagsstimmkreis Lindau-Sonthofen ist nach Fläche und Einwohnerzahl der größte in Schwaben. Mit seiner landschaftlichen Vielfalt vom Bodensee über die Westallgäuer Hügel bis zu den Allgäuer Alpen ist er gewiss einer der schönsten Stimmkreise Bayerns und zählt nicht umsonst zu den Top-Tourismusregionen in Deutschland.

Der Allgäu-Franken-Express, ein schneller Regionalexpress, verbindet seit dem Fahrplanwechsel im Dezember 2006 bis zu viermal täglich Lindau mit Nürnberg. Die Fahrt vom Bodensee in die Frankenmetropole dauert knapp vier Stunden. Damit ist das Allgäu umsteigefrei an den Fernverkehrsknoten Nürnberg angebunden. Eberhard Rotter,der sich als CSU-Verkehrssprecher für die neue Verbindung stark gemacht hat, ist Pate der neuen Linie. "Freie Fahrt" gibt Eberhard Rotter am Bahnhof Röthenbach.

Kontakt halten mit den Wählen seines Stimmkreises ist Eberhard Rotter besonders wichtig. Seine monatlichen Bürgersprechstunden in Lindau, Lindenberg, Oberstaufen und Sonthofen sowie die Besuchergruppen im Bayer. Landtag sind dabei wichtige Optionen.